Родился в семье торговца. Окончив гимназию в Немецком Броде (ныне Гавличкув-Брод), учился в Карловом университете вПраге (1838—1840), затем в духовной семинарии, из которой был исключён за свободомыслие (1841).

Изучение языков, литературы и истории славянских народов сблизило с филологом, поэтом и переводчиком Й. Юнгманом и филологом и поэтом П. Шафариком. По рекомендации Шафарика нашёл место домашнего учителя в Москве, где прожил в1843—1844 годах. Русские славянофилы развеяли все иллюзии, с которыми Гавличек, под впечатлением учения Коллара, приехал в Россию. Беззаконие, бескультурие, эгоизм и безнравственность русской аристократии, убогость и отсталость русских деревень — такой увидел в середине 19 века Россию чех Гавличек, будущий писатель и политик, и с тех пор — убеждённый противник русизма. «Русские называют всё русское славянским, чтобы потом назвать всё славянское русским», — так в 1844 году великий чешский писатель Карел Гавличек предупреждал соотечественников об опасности невежественного восхищения Россией.

По возвращении в Богемию (Чехия) занялся публицистикой. При содействии Ф. Палацкого стал редактором чешской газеты «Пражске новини» (Pražské noviny; 1846—1848) и литературного приложения к ней журнала «Ческа вчела» (Česka včela). В этих изданиях опубликовал ряд статей, в которых сформулировал идею Австрославизма. Выступал также со статьями в защиту освободительной борьбы ирландского народа.

С началом революции 1848 года оставил «Пражске новини» и основал политическую газету «Народни новини» (Národní noviny), которая стала влиятельным и популярным органом чешских либералов. В 1848 был избран в чешский сейм и австрийский парламент. Был одним из организаторов всеславянского съезда в Праге, выезжал в Польшу и Хорватию для того, чтобы привлечь польских и хорватских литераторов к участию в съезде.

Дом в Бриксене, в котором жил Гавличек

Выступал против установившегося в стране реакционного режима и в апреле 1849 был предан суду. После запрета газеты «Народни новини» и её сатирического приложения «Шотек» (Šotek; январь 1850) до 1851 года издавал в Кутна-Горе газету «Слован» (Slovan). В 1851 издал памфлетно-полемические книги «Дух народной газеты» и «Кутногорские письма» (Epištoly kutnohorské). В том же году, вопреки тому, что выиграл судебный процесс, в котором ему вменялось в вину содержание статей, был тайно выслан в Бриксен (Тироль, ныне Брессаноне в Италии).

В Прагу больному Гавличку было разрешено вернуться в связи с тяжёлой болезнью жены лишь в апреле 1855, незадолго до смерти (и к его возвращению жена скончалась). В последний путь его провожало около пяти тысяч.