Текст книги "Я — не моя ДНК. Генетика предполагает, эпигенетика располагает"

Автор книги: Манель Эстейер

сообщить о нарушении

Текущая страница: 11 (всего у книги 12 страниц)

Выключатель

Итак, существует другой тип DNMT: они известны под именем DNMT de novo и являются главными ответственными за метилирование пар CpG.

На сегодняшний день все еще неизвестно, кто отдает приказы, чтобы эти DNMT de novo приходили в движение, но, тем не менее, уже доказано, что их дисфункция катастрофична для клетки, потому что метилирование CpG-островков, которые не должны быть метилированы, заставляет выключаться транскрипцию генов. Этот феномен называется «транскрипционный сайленсинг».

Хроматин

А сейчас поговорим немного об одном важном процессе, о котором не стоит забывать, и раз уж он так важен, мы используем метафору, которая, надеемся, будет достаточно наглядна. Наша ДНК не раздета, она стыдливо, но элегантно прикрыта оболочкой из белков, которые формируют то, что мы называем хроматином. Он похож на бусы из жемчужин-белков, нанизанных на нить ДНК.

Традиционно хроматин (другими словами, наши прекрасные жемчужные бусы) считался статичным образованием с исключительно структурирующей ролью, так что открытие деталей механизмов, которые связывают метилирование ДНК с клеточными механизмами, модифицирующими хроматин, стало событием особой важности, так как дало новый импульс в исследовании активной роли хроматина в контроле деятельности генов.

А дело все в том, что, как мы уже говорили, один из существующих типов белков в хроматине – гистоны – отвечает в основном за упаковку ДНК в ядре клетки.

И эта доминирующая роль хроматина, как и его функция, были неизвестны еще несколько лет назад: изначально хроматин казался просто скелетом, а гистоны – белками, которые создают структуры шарообразной формы, вокруг которых оборачивается ДНК. Именно по этой причине микроскопическая картинка очень похожа на жемчужные бусы, то есть на статичную структуру, монотонную и повторяющуюся.

В этих особых бусах структурная единица хроматина, то есть жемчужина, получила название нуклеосомы. Каждая нуклеосома формирует, в свою очередь, группу из восьми гистонов четырех разных типов, окруженных фрагментом ДНК из 147 оснований. Большая часть гистонов находится внутри этой структуры, но их хвосты остаются снаружи.

В 1970-е годы прогресс в исследованиях структуры хроматина был заметен невооруженным глазом. Эти исследования сформировали представление о статичной модели хроматина, и возможно, поэтому в последующие годы интерес к ним сильно ослабел. И так продолжалось целое десятилетие, пока в начале 1990-х годов результаты новых исследований структуры хроматина не активизировали работу по его изучению.

Два открытия оказались основополагающими. Первое – структурный мотив, присутствующий во многих транскрипционных факторах и отвечающий за взаимодействие гистонов друг с другом и с ДНК. Второе – сложные механизмы, занимающиеся модификациями хроматина; механизмы, являющиеся частью самого хроматина и отвечающие за то, чтобы он выстраивался в различные структуры, которые делают его сочетающимся или несочетающимся с транскрипционной активностью.

Далее остановимся немного на этих механизмах.

Два типа механизмов

Существует два типа механизмов, модифицирующих хроматин: первый состоит из групп белков, которые используют выделяемую некоторыми молекулами энергию, чтобы изменить структуру хроматина. Эти группы получили название комплексов ремоделирования хроматина, и они помогают нуклеосомам скользить по ДНК в движении, позволяющем определенным последовательностям, которые блокируются наличием нуклеосом, стать доступными для ядерных факторов, и наоборот.

Комплексы ремоделирования хроматина – группы белков, способные двигать нуклеосомы хроматина, делая его более открытым или закрытым для проникновения других белковых групп, которые регулируют активность генов.

Поэтому деятельность комплексов ремоделирования специализируется на регуляторной части конкретного гена. Во многих случаях это движение делает последовательности доступными для транскрипционных механизмов, а соответственно, и для синтеза РНК. В других случаях комплексы ремоделирования хроматина, наоборот, производят более компактную структуру хроматина, которая затрудняет доступ транскрипционных механизмов.

Второй тип механизмов, которые модифицируют хроматин, состоит из ферментов – модификаторов гистонов. Речь идет о ферментах, которые действуют непосредственно на гистоны, добавляя группы, их модифицирующие. В этом случае ударения ставятся на гистоны, то есть знак, который воздействует на деятельность ДНК, был поставлен не на самой ДНК, а на ее оболочке. Речь идет об одном очень хитром маневре: дело в том, что природа нашла способ отмечать такие связки – хроматин. Таким образом ядро клетки может распознавать эти помеченные связки и специально распутывать те, которые нужно использовать. Просто экономия места.

С другой стороны, в отличие от модификации ДНК, существует много типов модификаций гистонов, и это означает, что существуют различные способы помечать гистоны таким образом, что каждый класс модификаций имеет свое значение.

Каким может быть эпигенетическое состояние хроматина?

По последним доступным сведениям, хроматин может находиться в различных эпигенетических состояниях, которые можно разделить на две группы. Первая зависит от положения нуклеосом на последовательности ДНК. Поэтому согласно локализации нуклеосом некоторые последовательности становятся доступными или недоступными для транскрипционных факторов. Эти позиции наследуются, и их движение на протяжении последовательности подчиняется деятельности комплексов ремоделирования хроматина.

Вторая группа – состояние модификации гистонов, так как эти специализированные белки имеют собственный язык.

Стоит отметить, что в последнее время изучение гистонов стало модным среди молекулярных биологов (да, мы уже об этом говорили, так что не удивляйтесь: ученые обычно довольно странный народ). А чему обязан такой внезапный интерес к этим белкам, которые всего несколько лет назад считались однообразными и скучными? Как вообще получилось, что они наделали столько шума в мире регуляции экспрессии генов?

Этот новый интерес уходит корнями именно в то, что раньше их делало такими скучными, – природа

сделала гистоны до чрезвычайности повторяющимися белками.

Объясним. Чтобы наглядно продемонстрировать консервативность гистонов, нужно всего лишь сравнить последовательность их аминокислот у таких эволюционно далеких друг от друга видов, как горох и человек. В результате мы не без удивления обнаруживаем, что различий между этими двумя последовательностями почти нет. Эта однородность гистонов позволяет ДНК упаковываться в блоки и превращаться в чрезвычайно компактную структуру, и именно этот феномен пробудил интерес ученых всего мира.

Глоссарий

Аллели – два варианта, в которых представлен ген диплоидного организма. Человек имеет два аллеля на каждый ген, которые могут быть одинаковыми или различными.

Аминокислота – основной компонент белка. Каждая аминокислота кодируется комбинацией из трех азотистых оснований.

Белок – молекула, сформированная цепочкой аминокислот. Белки выполняют множество функций (способствуют структурированию, передают сигнал, катализируют химические реакции и т. д.).

Белок МеСР2 – составляет вместе с белками MBD1, MBD2, MBD3 и MBD4 семейство со связью с метилированной ДНК. Эти белки присоединяются только к участкам ДНК, которые были до этого метилированы.

Бета-амилоиды – пептиды, или маленькие белки, чрезмерное скопление которых в мозге приводит к различным заболеваниям, среди которых болезнь Альцгеймера.

Ген – единица генетической информации. Участок ДНК, который содержит необходимую информацию для формирования белка или функциональной РНК. Определение гена также может включать в себя ДНК, которая не кодирует, а участвует в регуляции экспрессии генов.

Генетическая дактилоскопия – генетический метод идентификации образцов ДНК, принадлежащих разным особям. Мы, люди, обладаем практически идентичными ДНК, но существуют участки с некоторыми различиями, анализ которых помогает найти «отпечаток», или паттерн, уникальный для каждого человека.

Генетический код – соответствие, которое связывает различные комбинации из трех азотистых оснований с соответствующими аминокислотами. Например, когда в мРНК появляются три азотистых основания GAG, это служит сигналом для присоединения аминокислоты, называемой глютаминовой, а когда появляются основания AGA, это означает, что она должна присоединиться к белку, который формируется из аргининовой аминокислоты.

Геномный импринтинг – биологический процесс, при котором один из аллелей экспрессируется в зависимости от его происхождения – от матери или от отца.

Генотип – информация об организме, заключенная в ДНК.

Гетерозигота – ген, представленный в двух разных аллелях.

Гидроксиметилирование – окисление метильной группы. Когда цитозин метилирован (метилцитозин), он может быть окислен, производя гидроксиметилцитозин, что влияет на присоединение некоторых белков к ДН К или даже может вызвать утрату метилирования (деметилирование) на этом самом цитозине.

Гиперметилирование – когда один участок ДНК метилируется сверх нормы, говорится о гиперметилировании, или избыточном метилировании.

Гипометилирование – происходит, когда на участке ДНК происходит утрата метилирования.

Гистон – каждый из белков, с которыми связывается ДНК для формирования нуклеосом. Гистоны богаты аминокислотами с положительным зарядом и участвуют в упаковке ДНК для формирования нуклеосом.

Гистонацетилтрансфераза – ферменты, ответственные за ацетилирование остатков гистонов.

Гистондеацетилазы – белки, которые удаляют ацетильные группы с гистонов.

Гомозигота – ген, представленный в двух одинаковых аллелях.

Децитабин – лекарство, используемое для лечения некоторых заболеваний, например миелодиспластического синдрома или некоторых типов лейкемии, и способное вызывать деметилирование ДНК ввиду того, что оно ингибирует белок DNMT.

Деления – особый тип структурной хромосомной аномалии, который заключается в удалении участка ДНК из хромосомы.

Деметилазы гистонов – белки, которые удаляют метильные группы с гистонов.

Диплоид – организм, клетка или ядро, которые содержат 2 набора хромосом. Мы, люди, обладаем 46 хромосомами, 23 передались нам от отца и 23 – от матери.

ДНК (дезоксирибонуклеиновая кислота) – макромолекула, состоящая из повторяющихся блоков – нуклеотидов, образующих генетический код.

ДНК-метилтранферазы, или DNMT и DNMT de novo, – белки, ответственные за метилирование ДНК. Среди них семейство DNMT1 (которые осуществляют поддерживающее метилирование после репликации ДНК), DNMT3a и DNMT36 (которые отвечают за метилирование ДНК de novo, то есть на участках, где ДНК метилирована не была).

Естественный отбор – механизм, согласно которому особи, более адаптированные к определенной окружающей среде, будут иметь преимущество в выживании и передаче генов по наследству. Этот процесс происходит не только на уровне высших организмов, но и на уровне клеток.

Зигота – клетка, сформированная вследствие слияния двух гоноцитов (сперматозоида и яйцеклетки). Также может быть сформирована путем введения ядра взрослой клетки в яйцеклетку, ядро которой было заранее извлечено.

Канцерогенез – процесс образования опухоли. В клетке появляются генетические мутации или эпигенетические отклонения, которые влияют на контроль их роста и их инвазивные способности. Накопление этих изменений в конечном счете запускает появление опухоли.

Клетка – минимальная единица организма, способная самостоятельно выполнять свои функции.

Клон – организм или группа генетически идентичных друг другу организмов, которые происходят от одного и того же организма, идентичными генетическими копиями которого они являются.

Клонирование – получение клонов.

Комплексы ремоделирования хроматина – группы белков, способные двигать нуклеосомы хроматина, делая его более открытым или закрытым для проникновения других белковых групп, которые регулируют активность генов.

Мейоз – механизм деления клетки, в ходе которого одна диплоидная клетка (с двумя наборами хромосом) подвергается двум следующим друг за другом делениям, производя четыре гаплоидных клетки (с одним набором хромосом). Этот процесс происходит в репродуктивных органах, где производятся гаметы (яйцеклетки или сперматозоиды). Таким образом, после оплодотворения, или слияния яйцеклетки и сперматозоида, полученная клетка снова будет обладать двумя наборами хромосом.

Межклеточная коммуникация – передача сигнала, которая заключается в функционировании систем, благодаря которым клетка способна отвечать на сигналы, приходящие вне и внутри клетки. Как только клетка (гормон, фактор роста и т. д.) получает сигнал, происходит активация цепочки группы белков, которая в конечном счете приводит к ответу клетки.

Метилирование ДНК – добавление метильной группы к цитозину, который содержится в ДНК. Происходит с помощью так называемой ДНК-метилтрансферазы.

Метилотип – специфический для конкретного типа клетки профиль метилирования ДНК.

Метилтрансферазы гистонов – белки, ответственные за метилирование, но не ДНК, а гистонов.

Метильная группа – химическая группа, состоящая из одного атома углерода и трех атомов водорода (-СНЗ). Эта группа связана с эпигенетикой тем, что может присоединиться к ДНК или даже к некоторым гистонам, действуя как метка, которая влияет на функции генов.

Механизмы модификации хроматина – группа белков, которые присоединяют химические группы к хроматину или удаляют их, влияя на его функционирование.

микроРНК – тип некодирующей РНК (не содержащей информации для формирования белков) маленького размера. Ее функция заключается в присоединении к матричным РНК, тем самым препятствуя их считыванию, а следовательно, блокируя формирование белка, закодированного в этой мРНК.

Модификация гистонов – относится к химическим модификациям, которым подвержены гистоны и которые влияют на функционирование хроматина. Существует множество модификаций, таких как метилирование, ацетилирование, фосфорилирование, убиквитиниро-вание, сумоилирование и т. д.

Монозиготный – организм, который происходит из той же самой оплодотворенной яйцеклетки, что и его брат или сестра.

Мутация – изменение в последовательности оснований ДНК.

мРНК (матричная РНК, информационная РНК, иРНК) – один из типов РНК. Когда ген активируется, он транскрибируется, или копирует информацию на мРНК. Информация с этой мРНК в конце концов прочитывается в рибосомах и воспроизводит белок на основе информации, заключенной в ней.

Некодирующая РНК – молекулы РНК, которые не содержат информацию для синтеза белков, но участвуют во многих других важных процессах клетки.

Нуклеосома – базовая структурная единица хроматина, образованная совместной упаковкой нити ДНК с гистоновыми белками.

Онкоген – ген, который появляется в результате мутации и ошибочной активации гена, называемого протоонкоген. Протоонкогены регулируют рост клеток, и когда они мутируют и активируются по ошибке, это приводит к избыточному росту клеток, что влечет за собой появление опухоли.

Основания – мы говорим об основаниях (азотистых), имея в виду химические составляющие, которые являются неотъемлемой частью нуклеиновых кислот. В ДНК содержится 4 типа: А (аденин), Т (тимин), Ц (цитозин) и Г (гуанин). В PH КТ (тимин) заменяется на У (урацил).

Прион – новый инфекционный агент, который содержит не нуклеиновую кислоту, а аномальную структуру белка. Он был открыт Стенли Прузинером, удостоенным Нобелевской премии по медицине в 1997 году. Сейчас стоит под вопросом участие приона в различных заболеваниях.

Прокариот – клетка, в которой ДНК не хранится в отдельном сегменте, отделенном от остальных компонентов клетки. Клетки-прокариоты не формируют многоклеточные организмы.

Репликация – процесс, в ходе которого генетический материал клетки удваивается перед клеточным делением. Таким образом, после деления клетки обе дочерние клетки будут иметь то же генетическое содержимое, что и первоначальная клетка.

Ретротранспозон – мобильный элемент генома, который использует РНК-интермедиаты, чтобы перемещаться и внедряться между различными участками хромосомы.

Ретровирус – вирус РНК, который способен превращаться в ДНК, чтобы встроиться в геном человека.

Рибосома – структура, состоящая из белков и некодирующих РНК, которая служит каркасом для трансляции, то есть синтеза белков, на основе информации, содержащейся в мРНК.

РНК – рибонуклеиновая кислота; молекулы РНК вмешиваются в экспрессию генов в определенные моменты. Так, ДНК копируется на одни молекулы РНК, а другие молекулы РНК участвуют в транслировании информации, образовывая белки на основании генетического кода.

Секвенирование – метод молекулярной биологии, позволяющий распознавать последовательность нуклеотидов, которые составляют участок ДНК.

Сиртуин – белок, который модифицирует гистоны, удаляя химическую (метильную) группу.

Сплайсинг – также называемый альтернативный сплайсинг. Как только матричная PH К формируется в процессе транскрипции ДНК, эта мРНК может подвергнуться модификациям, в процессе которых удаляются некоторые ее последовательности. Это влияет на информацию, которую содержит РНК и на белок, который производится на основе этой РНК. Благодаря сплайсингу становится возможным генерирование разных мРНК и соответственно, разных белков (так называемых изоформ) на основе одного и того же гена.

Тау-белок – часто встречающийся в центральной нервной системе белок, который вмешивается в структуру нейронов. Отклонения в работе этого белка связаны с некоторыми типами деменции, включая синдром Альцгеймера.

Теломеры – концевые участки хромосом. Последовательности некодирующей ДНК, чья главная функция заключается в обеспечивании стабильной работы хромосом.

Трансляция – в контексте клетки это процесс, во время которого она копирует последовательность матричной РНК и согласно генетическому коду строит цепочку аминокислот. Трансляция происходит в цитоплазме клетки.

Транскрипционная активность, или активность генов, обозначает «включенное» или «выключенное» состояние гена. Когда ген активируется, начинается транскрипция, то есть копирование последовательности на РНК.

Транскрипционный сайленсинг – клеточный процесс, в ходе которого ген выключается, а следовательно, перестает транскрибироваться.

Транскрипция (синтез РНК) – процесс, с помощью которого клетка копирует последовательность ДНК на молекулу РНК, называемую матричной РНК (мРНК). Она происходит в ядре клетки.

Фенотип – любой видимый признак организма (цвет волос, поведение и пр.). Способ выражения генотипа (набора генов) в определенной окружающей среде.

Хроматин – комплекс, сформированный ДНК и белками, которые взаимодействуют с дезоксирибонуклеиновой кислотой с целью обеспечить ее пространственной организацией и функцией в ядре.

Хромосома – содержащаяся в клеточном ядре эукариот физическая структура, которая содержит генетический материал в форме ДНК, закрученной вокруг белкового комплекса, в основном состоящего из гистонов. Более крупные организмы делят свой генетический материал на несколько хромосом.

Экспрессия генов – процесс, в ходе которого ген копируется в молекулу РНК. Как правило, экспрессия гена включает в себя синтез белка, закодированного этим геном, но это не всегда так. Экспрессия гена может варьироваться в различных тканях или в различные моменты развития.

Эпигенетика – наука, которая изучает наследуемые изменения, не затрагивающие изменение последовательности ДНК.

Эукариот – клетка, которая содержит ДНК. Отдел за двойной мембраной называется ядром, чем она и отличается от прокариот (бактерий и архей), генетический материал которых не содержится в ядре.

5-метилцитозин – азотистое основание цитозин, к которому присоединилась метильная группа в позиции С5.

CpG, CpG-островки – участки ДНК, в которых находится большое количество динуклеотидов CpG, то есть высокий процент цитозина (С), за которым следует гуанин (G).

S-аденозилметионин – молекула, которая используется в качестве источника метильных групп, то есть молекула – донор метильных групп, которые метилируют другие молекулы (например, ДНК или гистоны).

Библиография

Введение

Esteller, М., «Noncoding RNAs in human disease», Nature Reviews Genetics, 12, № 12, ноябрь 2011.

Guil, S., Esteller, M., «DNAmethylomes, histone codesand miRNAs: tying it all together», The International Journal of Biochemistry & Cell Biology, 41, № 1, январь 2009.

Lopez-Serra, L., Esteller, M., «Proteins that bind methylated DNA and human cancer: reading the wrong words», British Journal of Cancer, 98, № 12, июнь 2008.

Глава 1

Fraga, M. E, Ballestar, E., Paz, M. E, S. ropero et al., «Epigenetic differences arise during the lifetime of monozygo tic twins», Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 102, № 30, июль 2005.

Heyn, H., Carmona, E J., Gomez, A., H. J. Ferreira et al., «DNA methylation profiling in breast cancer discordant identical twins identifies DOK.7 as novel epigenetic biomarker», Carcinogenesis, 34, № 1, январь 2013.

Javierre, В. М., Fernandez, А. Е, J. Richter et al., «Changes in the pattern of DNA methylation associate with twin discordance in systemic lupus erythematosus», Genome Research, 20, № 3, февраль 2010.

Глава 2

Buganim, Y., Faddah, D. A., Jaenisch, R., «Mechanisms and models of somatic cell reprogramming», Nature Reviews Genetics, 14, № 6, июнь 2013.

Humpherys, D., Eggan, К., H. Akutsu et al., «Epigenetic instability in ES cells and cloned mice», Science, 293 № 5527, июль 2001.

Theunissen, T. W., Jaenisch, R., «Molecular control of induced pluripotency», Stem Cells Research, 14, № 6, июнь 2014.

Глава 3

Heijmans, В. T, Tobi, E. W., A. D. Stein et al., «Persistent epigenetic differences associated with prenatal exposure to famine in humans», Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 105, № 44, ноябрь 2008.

Osborne-Majnik, A., Fu, Q., Lane, R. H., «Epigenetic mechanisms in fetal origins of health and disease», Clinical Obstetrics and Gynecology Journal, 56, № 3, сентябрь 2013.

Roseboom, Т. J., Painter, R. С., A. F. van Abeelen et al. «Hungry in the womb: what are the consequences? Lessons from the Dutch famine», Maturitas, 70, № 2, октябрь 2011.

Глава 4

Chong, S., Vickaryous, N., A. Ashe et al., «Modifiers of epigenetic reprogramming show paternal effects in the mouse», Nature Reviews Genetics, 39, № 5, май 2007.

Dolinoy, D. C., Weidman, J. R., Waterland, R. A., Jirtle, R. L., «Maternal genistein alters coat color and protects Avy mouse offspring from obesity by modifying the fetal epigenome», Environmental Health Perspectives, 114, № 4, апрель 2006.

Wolff, G. L., Kodell, R. L., Moore, S. R., Cooney, C. A., «Maternal epigenetics and methyl supplements affect agouti gene expression in Avy/a mice», The FASEB Journal, 12, № 11, август 1998.

Глава 5

Chittka, A., Wurm, Y., Chittka, L., «Epigenetics: the making of ant castes», Current Biology, 22, № 19, октябрь 2012.

Herb, B. R., Wolschin, E, Hansen, K. D., M. J. Aryee et al., «Reversible switching between epigenetic states in honeybee behavioral subcastes», Nature Neuroscience, 15, № 10, октябрь 2012.

Wang, X., Wheeler, D., Avery, A., A. Rago et al. «Function and evolution of DNA methylation in Nasonia vitripennis», PLoS Genetics, 9, № 10, el003872, 2013.

Глава 6

Enard, W., Fassbender, A., F. Model et al., «Differences in DNA methylation patterns between humans and chimpanzees», Current Biology, 14, № 4, февраль 2004.

Hernando-Herraez, I., Prado-Martinez, J., P. Garget al., «Dynamics of DNA methylation in recent human and great ape evolution», PLoS Genetics, 9, № 9, el003763, 2013.

Heyn, H., Moran, S., Hernando-Herraez, I., S. Sayols et al., «DNA methylation contributes to natural human variation», Genome Research, 23, № 9, сентябрь 2013.

Глава 7

Deng, X., Berletch, J. B., Nguyen, D. K., Disteche, С. M., «X chromosome regulation: diverse patterns in development, tissues and disease», Nature Reviews Genetics, 15, № 6, июнь 2014.

Maclary, E., Hinten, M., Harris, C., Kalantry, S., «Long noncoding RNAs in the Xinactivation center», Chromosome Research, 21, № 67, декабрь 2013.

Schulz, E. G., Heard, E., «Role and control of X chromosome dosage in mammalian development», Current Opinion in Genetics & Development, 23, № 2, апрель 2013.

Глава 8

Hancks, D. С., Kazazian, Н. Н. jr., «Active human retrotransposons: variation and disease», Current Opinion in Genetics & Development, 22, № 3, июнь 2012.

Konkel, M. K., Batzer, M. А., «А mobile threat to genome stability: The impact of nonLTR retrotransposons upon the human genome», Seminars in Cancer Biology, 20, № 4, август 2010.

Yoder J. A., Walsh, С. P., Bestor, T. H., «Cytosine methylation and the ecology of intragenomic parasites», Trends in Genetics Journal, 13, № 8, август 1997.

Глава 9

Anderson, О. S., Sant, К. E., Dolinoy, D. C., «Nutrition and epigenetics: an interplay of dietary methyl donors, onecarbon metabolism and DNA methylation», Journal of Nutritional Biochemistry, 23, № 8, август 2012.

Bertolo, R. E, McBreairty, L. E., «The nutritional burden of methylation reactions», Current Opinion in Clinical Nutrition and Metabolic Care, 16, № 1, январь 2013.

Fernandez, A. E, Esteller, M., «Viral epigenomes in human tumorigenesis», Oncogene, 29, № 10, март 2010.

Глава 10

Ausio, J., Paz, A. M., Esteller, M., «MeCP2: the long trip from a chromatin protein to neurological disorders», Trends in Molecular Medicine, pii: SI4714914 (14)000562. doi: 10.1016/j.molmed.2014.03.004, апрель 2014.

Berdasco, M., Esteller, M., «Genetic syndromes caused by mutations in epigenetic genes», Human Genetics, 132, № 4, doi: 10.1007/s004390131271 x, апрель 2013.

Javierre, В. M., Esteller, M., Ballestar, E., «Epigenetic connections between autoimmune disorders and haematological malignancies», Trends in Immunology, 29, № 12, doi: 10.1016/j.it.2008.08.008, декабрь 2008.

Portela, A., Esteller, M., «Epigenetic modifications and human disease», Nature Biotechnology, 28, № 10, октябрь 2010.

Urdinguio, R. G., Sanchez-Mut, J. V., Esteller, M., «Epigenetic mechanisms in neurological diseases: genes, syndromes and therapies», The Lancet Neurology, 8, № 11, ноябрь 2009.

Zaina, S., Heyn, H., Carmona, Varol F. J. et al., «А DNA Methylation Map of Human Atherosclerosis», Circulation Cardiovascular Genetics Journal, pii: CIRCGENETICS. 113.000441, август 2014.

Глава И

Esteller, m., «Epigenetics in cancer», The New England Journal of Medicine, 358, № 11, март 2008.

Heyn, H., Esteller, M., «DNA methylation profiling in the clinic: applications and challenges», Nature Reviews Genetics, 13, № 10, октябрь 2012.

Rodriguez-Paredes, М., Esteller, М., «Cancer epigenetics reaches mainstream oncology», Nature Medicine, 17, № 3, март 2011.

Глава 12

Azad N., Zahnow, C. A., Rudin, С. M., Baylin, S. B., «The future of epigenetic therapy in solid tumours lessons from the past», Nature Reviews Clinical Oncology, 10, № 5, май 2013.

Federation, A. J., Bradner, J. E., Meissner, A., «The use of small molecules in somaticcell reprogramming», Trends in Cell Biology, 24, № 3, март 2014.

Simo-Riudalbas, L., Esteller, M., «Targeting the histone orthography of cancer: drugs for writers, erasers and readers», British Journal of Pharmacology, 15, doi: 10.1111/bph.l 2844, июль 2014.

Эпилог

Guibert, S., Weber, M., «Functions of DNA methylation and hydroxymethylation in mammalian development», Current Topics in Developmental Biology, 104, 2013.

Guil, S., Esteller, M., «Cisacting noncoding RNAs: friends and foes», Nature Structural & Molecular Biology, 19, № 11, ноябрь 2012.

Heyn, H., Li, Y. N., Ferreira, H.J., S. Moran et al., «Distinct DNA methylomes of newborns and centenarians», Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 109, № 26, июнь 2012.

Heyn, Н., Vidal, Е., Sayols, S., J. V. Sanchez-Mut et al., «Wholegenomebisulfite DNA sequencing of a DNMT3B mutant patient», Epigenetics, 7, № 6, июнь 2012.

Jin, E, Li, Y., Dixon, J. R., S. Selvaraj et al., «А highresolution map of the threedimensional chromatin interactome in human cells», Nature, 503, № 7475, ноябрь 2013.